Magnez jest jednym z najlepiej udokumentowanych suplementów stosowanych w leczeniu migreny. 400–600 mg dziennie doustnego magnezu zmniejsza częstotliwość i intensywność migren w porównaniu do placebo w badaniach randomizowanych. Niektóre badania wykazują korzyści tylko przy wyższych dawkach (600 mg/dzień), podczas gdy niższe dawki (250–360 mg) często nie przynoszą efektów. W przypadku ostrych ataków, magnez dożylny może być również skuteczny, szczególnie w przypadku migren z aurą. Magnez stabilizuje błony neuronalne (zmniejszając nadmierną pobudliwość mózgu) i moduluje tonus naczyniowy mózgu, co są dwoma kluczowymi procesami w biologii migreny. Do rutynowej suplementacji preferowane są magnez glicynian, cytrynian lub taurynian ze względu na ich biodostępność. Magnez treonianowy zwraca uwagę ze względu na wchłanianie w mózgu, ale zawiera bardzo mało magnezu elementarnego i nie powinien zastępować bardziej biodostępnych form, gdy celem jest poprawa całkowitego stanu magnezu. Innym opartym na dowodach schematem zapobiegania migrenom jest połączenie magnezu z CoQ10 i ryboflawiną (B2), co znacznie zmniejszyło liczbę dni migrenowych w 3-miesięcznym badaniu. Jeśli występują problemy z układem pokarmowym, podziel całkowitą dawkę na około 200 mg przyjmowanych 1–3 razy dziennie. Utrzymuje to w zakresie 400–600 mg/dzień, co wykazano jako skuteczne, jednocześnie zmniejszając luźne stolce.